Khu bảo tồn các loài hạt trần quý, hiếm Nam Động nằm trên địa bàn xã Nam Động, huyện Quan Hóa, cách trung tâm huyện 25 km và cách Thành phố Thanh Hóa 150km theo hướng Tây Nam.

Tọa độ địa lý:   

Từ 20° 18′ 07” đến 20° 19′ 38” vĩ độ Bắc

Từ 104° 52′ 8” đến 104° 53′ 26” kinh độ Đông

Ranh giới tiếp giáp

• Phía Bắc giáp khoảnh 1,2,3,4,5 tiểu khu 185; khoảnh 1,2 tiểu khu 187 huyện Quan Hóa.
• Phía Nam giáp xã Sơn Lư và xã Sơn Điện, huyện Quan Sơn. 
• Phía Đông giáp khoảnh 3, 4 tiểu khu 187 (huyện Quan Hóa) và xã Trung Thượng huyện Quan Sơn. 
• Phía Tây giáp khoảnh 4 và 5, tiểu khu 185 huyện Quan Hóa và xã Sơn Điện huyện Quan Sơn.

Địa hình

Khu bảo tồn các loài hạt trần quý hiếm Nam Động, huyện Quan Hóa có địa hình núi dốc phức tạp, hiểm trở. Bị chia cắt bởi các đường phân thủy, thung lũng và khe suối, bề mặt địa hình tự nhiên thay đổi thất thường, tạo nên dạng địa hình dốc mang nét đặc trưng của hệ sinh thái núi đá vôi. Độ cao trung bình từ 700 – 900m, độ dốc từ 10 – 450 và nghiêng từ Tây Bắc xuống Đông Nam.